En una investigación realizada por el periódico El País dio a conocer que la coalición PRI-PAN-PRD habría cometido fraude tanto en el Estado de México como en Coahuila sin embargo fue en el primer estado mencionado donde no les habrían alcanzado.
Según el periodista Zedryk Raziel, la alianza utilizó la técnica de las "casillas zapato", que son urnas personalizadas con un porcentaje fuera de lo común del 90% para algún candidato o candidata.
Además, se destacó que en algunas casillas, sobre todo en el Estado de México, se contabilizaron más votos de los registrados y que esto benefició a la coalición.
Basado en datos del Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP), la candidata del PRI, Alejandra del Moral, logró obtener dos millones setecientos cincuenta y cinco mil quinientos treinta y dos votos (44.34%), mientras que Delfina Gómez del partido Morena, alcanzó tres millones doscientos setenta y dos mil ciento seis votos (52.65%). Este resultado significó que el partido tricolor perdiera por primera vez en uno de los últimos bastiones que le quedaban.
El periódico con sede en España ha reportado que hubo varios municipios, entre ellos Ecatepec, Chimalhuacán, Ojo de Agua, Texcoco, Naucalpan, Tlalnepantla y Cuautitlán Izcalli, donde se presentaron irregularidades durante las elecciones.
Además, se menciona que hubo casillas en las que se registraron más votos de los que aparecían en la lista del padrón electoral, por ejemplo, en la casilla básica de la sección 6 mil 195 de Cuautitlán Izcalli, donde se contabilizaron 1858 votos cuando solo 667 personas estaban en el padrón electoral. De estos, 1680 votos, es decir, el 90 por ciento, se adjudicaron a la candidata del PRI.
Mientras tanto, en el estado de Coahuila, aunque la ventaja del candidato del PRI, Manolo Jiménez, sobre el morenista Armando Guadiana fue superior al 35 por ciento, se registraron prácticas de "casillas zapato" en la zona. Jiménez se alzó con la victoria al obtener 741,731 votos (56.93%), con Guadiana en un segundo lugar distante con 279,894 sufragios (21.48%) y Ricardo Mejía Berdeja del Partido del Trabajo (PT) obteniendo el tercer lugar con 173, 380 votos (13.3%).
De acuerdo con un informe de El País, no se registraron casillas en las que la coalición priista obtuviera el 100 por ciento de los votos. Sin embargo, se indicó que hubo ocho en las que el porcentaje osciló entre el90 y el 95 por ciento, y otras 108 donde obtuvieron entre el 80 y el 89 por ciento. En estas casillas, Jiménez logró 33,718 votos, en comparación con los ,911 votos obtenidos por Guadiana.
